Les médicaments oraux (pris par la bouche) contre les allergies incluent les antihistaminiques, les décongestionnants et les antagonistes des récepteurs des leucotriènes. Les effets secondaires varient selon le type de médicament. Les antihistaminiques (par ex. la cétirizine, la desloratadine, la fexofénadine) peuvent provoquer une sécheresse de la bouche, de la constipation, des étourdissements, de la difficulté à uriner, de la fatigue, des maux de tête, des nausées et des maux de gorge.
Les décongestionnants (par ex. la phényléphrine, la pseudoéphédrine) peuvent provoquer des maux de tête, des étourdissements, une sécheresse de la bouche, de l'irritabilité, des battements de cur rapides ou irréguliers, des tremblements, une élévation de la pression artérielle et des troubles du sommeil.
Les médicaments de la classe des antagonistes des récepteurs des leucotriènes (le montélukast) peuvent souvent avoir des effets secondaires comme une diarrhée, des maux d'estomac, des symptômes pseudogrippaux, des maux de tête, la soif, des démangeaisons cutanées et des éruptions cutanées.